Відповідно до Положення "Про наукову діяльність заповідників і національних природних парків України" та Положення "Про Національний природний парк "Верховинський", наукові дослідження проводяться з метою розробки наукових основ охорони, відтворення та оптимального використання природних ресурсів, запровадження моніторингу природного середовища.

Головною науково-дослідною темою є ведення "Літопису природи",  згідно з методичним посібником (Андрієнко Т.Л., Попович С.Ю., Парчук Г.В. та ін. "Програма Літопису природи для заповідників та національних парків", 2002 р.).

Національний природний парк "Верховинський", відповідно до покладених на нього завдань, проводить наукові дослідження, спрямовані на виконання програми "Літопису природи":

• ведення систематичних спостережень за сезонними явищами природи, аналіз метеорологічних даних;
• інвентаризація флори і фауни на території національного природного парку "Верховинський".
• виявлення та картографування нових локалітетів рідкісних видів рослин і тварин;
• картування місць поширення інвазійних видів рослин на території парку;
• дослідження поширення, структури популяцій, особливостей розмноження рідкісних видів рослин, занесених до Червоної книги України;
• моніторинг чисельності і просторового розподілу мисливських ссавців; 
• інвентаризація фауни хребетних тварин ;
• вивчення антропогенного впливу і рекреаційного навантаження (фактору турбування) на стан популяцій рідкісних і фонових видів ссавців парку;
• вивчення впливу рекреаційної та господарської діяльності на екосистеми парку;
• вивчення екологічних груп рослин.

У складі Національного природного парку  "Верховинський" функціонує науково-дослідний відділ, фахівці якого безпосередньо виконують наукові дослідження. До виконання вузькоспеціалізованих науково-дослідних робіт залучаються спеціалісти інших наукових установ.